El Niño est la phase chaude du cycle ENSO (El Niño-Oscillation australe), une configuration climatique naturelle alternant entre des conditions chaudes (El Niño) et froides (La Niña) dans l'océan Pacifique équatorial. Lors d'un épisode El Niño, la température de surface du Pacifique central et oriental augmente de 0,5 à 3 °C au-dessus de la normale, affaiblissant les alizés qui maintiennent normalement l'eau chaude accumulée dans le Pacifique occidental.
Les effets se propagent sur toute la planète via des téléconnexions atmosphériques : sécheresses et incendies en Australie et en Indonésie, pluies torrentielles au Pérou et en Équateur, hivers plus doux en Amérique du Nord, affaiblissement de la mousson asiatique, et activité cyclonique accrue dans le Pacifique oriental mais réduite dans l'Atlantique. El Niño de 1997-98 a causé des dommages estimés à 35 milliards de dollars et des milliers de morts.
En Espagne et en Europe, El Niño tend à être associé à des hivers plus froids et secs en Europe du Nord et plus humides en Méditerranée, bien que la corrélation ne soit pas aussi directe que sous les tropiques. Les épisodes d'El Niño surviennent tous les 2-7 ans et durent 9-12 mois. Leur prévision est possible plusieurs mois à l'avance grâce à des modèles couplés océan-atmosphère, ce qui en fait la principale source de prévisibilité climatique saisonnière.