La salinité moyenne de l'océan est de 35 ‰ (35 grammes de sel par litre). Elle varie de <30 ‰ dans les zones de forte pluie et de fonte (Baltique, Arctique) à >40 ‰ dans les mers fermées à forte évaporation (Méditerranée : 38 ‰, mer Rouge : 40 ‰).
La salinité et la température déterminent la densité de l'eau, moteur de la circulation thermohaline. Dans l'Atlantique nord, l'eau se refroidit et se salinise (par évaporation et formation de glace), devient dense et plonge, alimentant le courant profond de l'AMOC. La fonte de la calotte groenlandaise injecte de l'eau douce réduisant la salinité et pouvant affaiblir cette circulation.